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연구비로 인건비 돌려막기 만연…"지원하되 성장지표 잘 살펴야"

산업 중기·벤처 2025.07.09 17:46:20

매년 최소 1조 5000억 원 규모의 정부 연구개발(R＆D) 예산이 중소기업의 운영비나 인건비에 쓰이는 등 ‘좀비기업’을 양산하는 결과로 이어지는 것이 아니냐는 지적이 일고 있다. R＆D 예산이 전문 인력 양성 후 매출 상승이라는 선순환을 그리지 못하고 한계기업의 생명 연장 수단으로 전락했다는 비판이다. 정부가 R＆D 지원 대상을 선정하는 과정에서 연구 실적에 대한 평가 기준을 높이는 한편 기업별 예산 사용에 대한 사후 검증을 거쳐야 한다는 요구가 나온다. 9일 서울경제신문과 플랫폼 더브이씨가 2020년부터 2023년까지 정부 R＆D 사업에 선정된 기업 중 민간투자 이력이 있는 3555곳의 연도별 고용 추이를 살펴보면 R＆D 예산 지원이 종료된 시점 전후로 고용 감소 현상이 눈에 띄게 나타난다. 한 전직 국책연구기관 기관장은 “R＆D 지원이 종료된 후 기존 직원을 그대로 유지하는 기업은 손에 꼽을 정도로 극소수”라고 전했다. 기업 3555곳의 연도별 매출 추이도 2020년 8조 7000억 원에서 2024년 17조 6000억 원으로 두 배가량 증가했지만 같은 기간 기업 10곳 중 3곳은 매출이 감소했다. 상당수 정부 지원 사업은 연구비 수령액이 고스란히 매출액으로 반영됨에도 역성장을 한 것이다. 2020년부터 2023년까지 4조 원에 가까운 정부 예산이 투입됐지만 중소기업의 매출 실적으로 따라오지 않은 것이다. 관계부처 자료를 종합하면 중소기업 R＆D 전체 예산 규모는 2024년 1조 4097억 원, 2025년 1조 5214억 원 등으로 한 해에 1조 5000억 원가량이 투입되고 있다. 이에 매년 1조 원을 넘어서는 정부 R＆D 예산이 성장 가능성이 큰 중소기업 지원이 아닌 한계기업의 시장 퇴출 지연에 그치는 것이 아니냐는 비판이 제기된다. 정부 예산이 한계기업 지원에 집중되면 당장 위기에 처한 중소기업을 구제할 수 있지만 전체적인 시장의 성장을 저해할 수 있기 때문이다. 박진 한국개발연구원(KDI) 교수는 “정부의 한계기업 지원이 고용 유지의 측면에서 긍정적인 부분도 있지만 이 때문에 건강한 기업들의 시장 진입을 막고 새로운 고용 창출에 투입되는 비용이 축소될 수 있다”고 밝혔다. 실제로 정부 R＆D 예산은 기업의 운영비나 단순 인력의 인건비에 사용되는 경우가 다수 존재한다. 하지만 예산을 지원하는 입장에서 이를 검증해내기는 쉽지 않다. 정부 R＆D 지원 사업을 받은 적이 있는 업계 관계자는 “전문 인력과 단순 인력의 인건비를 명확히 구분하기 어렵고 전문 인력이라고 하더라도 실질적으로 연구 업무를 진행하는지 여부는 사실상 확인이 불가능하다”고 말했다. R＆D 예산이 기업의 전문 인력 창출 등을 위해 지급되는 것과 달리 실질적으로 기업의 자금을 충당하는 역할에 그친다는 지적이다. 정부의 부실기업 지원을 막기 위한 구체적 방안으로 기업 선발 과정에서 R＆D 성과 실적을 면밀하게 검토해야 한다는 주장이 나온다. 중소기업 R＆D 예산 지원 기업 선정은 R＆D 과제에 대한 기술성·사업성을 중심으로 이뤄진다. 기업의 매출·고용 지표도 참고 자료로 활용되지만 향후 해당 사업의 파급 효과를 중점적으로 보기 때문에 중소기업의 성과를 평가하는 기준을 명료하게 설명하기는 쉽지 않다. 반면 R＆D 예산 지원이 이뤄지는 대학이나 출연연구기관의 경우에는 특허 기술 여부나 관련 논문 등을 통해 R＆D 성과에 대한 평가를 측정하고 있다. R＆D 예산 지급 이후 각 기업의 예산 사용에 대한 철저한 사후 검증도 요구된다. 정부 R＆D 예산에 대한 사후 관리는 중소기업정보기술진흥원을 통해 시행되고 있지만 R＆D 예산의 효율성 증진을 이유로 갈수록 정부 예산에 대한 사용 요건이 완화되고 있다. 현재로서는 간접비·직접비 비율 등을 제외하고는 기업 내부에서 R＆D 예산에 대한 전용이 가능하다. 다만 R＆D 예산 사용 규정 등을 엄격하게 적용할 경우 기업들이 실질적인 필요에 맞게 사용하기 어려워 그 기준점을 잡기 어려운 실정이다. 이 같은 한계점에도 불구하고 중소기업에 대한 R＆D 예산을 축소해서는 안 된다는 우려가 나온다. 정부가 R＆D 예산 확대 방침을 밝힌 만큼 성장하는 기업에 대한 지원을 중점적으로 늘려야 한다는 주장이다. 최근 중소기업의 고용·매출 지표 악화는 내수 경기 침체와 더불어 윤석열 정부의 R＆D 예산 삭감의 여파라는 분석도 존재한다. 한 국책연구기관 관계자는 “경기 침체가 지속되는 상황에서 정부의 R＆D 예산 삭감 기조로 인해 기업의 투자 의지가 위축됐다”며 “향후 중소기업 R＆D에 지속적으로 지원한다는 시그널을 주며 기업의 성장 지표를 살펴봐야 한다”고 말했다.