행안위에서는 9개 부처의 기능과 기관을 이관 받는 미래창조과학부가 논란의 중심이다. 쟁점은 방송정책과 원자력안전위원회ㆍ우정사업본부 등의 미래부 이관 여부다. 민주당은 방송정책과 방송 인ㆍ허가권를 미래창조과학부에 집중하고 원자력안전위원회를 폐지하는 데 반대한다는 입장이다. '행정안전부'의 '안전행정부'로의 명칭 변경도 논란거리다. 기능변경 없이 이름만 바꾸는 것은 예산낭비라는 지적이 적지 않기 때문이다.
농림수산식품위에서는 부처 명칭을 놓고 갑론을박이 예상된다. 개편안대로 농림수산식품부에서 농림축산부로 이름이 바뀔 경우 '식품 진흥' 업무가 위축될 것이라는 의견이 적지 않아서다. 농식품부도 '식품'이라는 명칭을 사수하기 위해 총력전에 나선 상황이다.
신설되는 해양수산부 입지에 대해서도 다양한 의견이 나오고 있으나 박 당선인의 공약대로 '부산' 설치가 유력하다. 박 당선인의 공약 이행 의지가 강하고 야당도 대선 과정에서 '해양부의 부산 설치'를 약속했기 때문이다. 청와대 경호처의 경호실 승격도 원안대로 통과되기는 쉽지 않을 것으로 전망된다. 민주당은 "경호실 강화는 과거 군사정부 시절로의 회귀"라며 반대하고 있다.
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