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국가 연구개발(R&D) 지배구조(거버넌스) 개편은 과학기술 컨트롤타워 확립과 정부 출연연구기관 개편의 두 축으로 이뤄지고 있다. 국가과학기술위원회가 독립 상설 위원회로 격상되면서 일단 R&D 컨트롤타워는 복원됐다. 남은 과제는 출연연구소 개편이다. 국과위 위상 강화의 단초는 출연연 구조개편을 위한 민간위원회 활동에서 비롯됐다. 출연연 역할 재정립을 위해 논의하다 보니 하부 구조(출연연)보다 상부 구조(컨트롤타워)를 먼저 손봐야 한다는 데 의견이 모아지면서 출연연 구조 개편은 국과위 출범 이후로 미뤄졌다. 현재 26개 출연연은 교육과학기술부 기초기술연구회와 지식경제부 산업기술연구회에 각각 13개씩 소속돼 있다. 둘로 나뉘어 있다 보니 높은 칸막이 때문에 공동연구로 시너지를 내기 힘든 구조다. 과학기술 종사자들은 출연연 분리를 현 정부의 과학기술 정책 가운데 가장 잘못된 것 중 하나로 꼽고 있다. 출연연 개편 방향은 현재 구조 그대로 운영하되 소속만 국과위로 바꾸자는 방안과 소속 부처와 밀접한 관련이 있는 일부 기관을 제외한 대부분의 출연연을 하나의 법인으로 통합해 국과위에 소속시키거나 독립 운영하는 방안, 현 상태대로 그냥 놔두는 방안 등이 거론된다. 당초 출연연을 국과위 산하로 이관하되 통합한 단일기구를 만들기보다 독립 체제로 운영하는 방안이 유력했지만 지금은 소속 부처와 관계가 밀접한 일부 기관을 제외하고 법인을 통합하되 국가위로 이관하지 않는 방안도 거론된다. 국과위가 R&D 예산을 배분, 조정하고 평가까지 맡게 되는데 출연연까지 관장하면 '선수'와 '심판'을 모두 맡게 돼 출연연 운영의 효율성을 높이는 데 걸림돌로 작용한다는 주장도 제기된다. 과거 과학기술부 산하의 혁신본부가 실패한 것도 선수와 심판을 겸했기 때문이라는 평가가 많았다. 출연연들은 단일 법인으로 통합하든 현 체제대로 운영되든 국과위 소속이 되는 것을 선호하는 분위기이지만 교과부와 지경부 등 부처는 출연연을 나눠 가지겠다는 입장이 강하다. 강태진 서울대 공대 학장은 "모든 출연연을 국과위로 보내지 않더라도 기초기술연구회나 산업기술연구회 소속 출연연을 하나로 통합할 필요가 있다"면서 "필요하다면 기초연이나 산업연 소속 기관을 서로 주고받을 수도 있다"고 말했다. 민경찬 바른 과학기술사회 실현을 위한 국민연합 상임대표는 "현재 각 부처로 나뉘어 있는 출연연 구조는 불합리하며 보다 유연한 조직으로 바뀌어야 한다"면서 "가장 우선시돼야 하는 것은 연구자들이 연구에 몰입할 수 있는 환경을 만들어주는 것이며 출연연 구조개편은 이 원칙에 따라 이뤄져야 한다"고 강조했다.
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