영농조합 2700곳 법인세 170억 돌려받는다

권익위 "세금 부과기간 지났어도 환급" 권고해 국세청 수용

유철환 국민권익위원장이 16일 서울 종로구 정부서울청사 공용브리핑실에서 국민권익위원회 2024년 업무보고 브리핑을 하기에 앞서 조선 태종이 백성의 억울함을 듣기 위해 설치한 신문고를 두드려보고 있다. 사진제공=국민권익위원회

서류 미비로 법인세를 감면받지 못했던 영농조합법인 2700곳이 약 170억원의 세금을 돌려받는다.

국민권익위원회는 21일 세법상 세금을 부과할 수 있는 기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물재배업 소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해주도록 국세청에 의견을 표명했고, 국세청이 이를 받아들였다고 밝혔다.



권익위에 따르면 A 영농조합은 2016년과 2017년 법인세를 신고하며 식량작물 재배업 소득에 대해 법인세 감면을 적용해 세무서에 신고했다. 하지만 세무서는 농어업 경영체 등록 확인서를 제출하지 않았다며 A법인에 대해 감면 세액을 추징했다. A 법인은 추징된 법인세를 납부했다. 반면 같은 처지에 있던 B 영농법인은 이에 불복해 행정 소송을 제기했고 지난해 3월 대법원에서 최종 승소했다. 대법원은 해당 서류 제출이 법인세 감면을 위한 필수 요건이 아니라는 취지로 판단했다.

국세청은 대법원 판결에 따라 B 영농법인에 추징한 법인세를 환급해줬으나, 세금을 부과할 수 있는 기간이 지나 소송 당사자 이외 법인은 환급이 불가능했다. A 영농법인은 이에 권익위에 고충 민원을 신청했고 실태 파악에 나선 권익위는 “대법원 판결 등을 고려해 세법상 부과제척기간이 지난 A법인을 포함한 2700여곳의 법인세 약 170억에 대해서도 환급하는 것이 타당하다”고 권고했다. 국세청은 권고를 받아들여 부과 제척기간이 지난 영농조합들에 조속히 법인세 일부를 돌려주기로 했다.