감사원은 11일 안전행정부를 비롯해 서울시와 경기도 등 11개 지자체를 상대로 '지방세 부과 및 징수실태'를 감사한 결과 경기도와 부산·인천·광주광역시 등 68개 시·군에서 총 254억원의 지방세를 걷지 않고 방치했다고 밝혔다.
이들 지방세 체납은 지자체들이 세금 징수노력을 게을리하며 업무를 제대로 챙기지 않아 발생한 것이 대부분이다. 수원시 등 68개 시·군은 기업이 지방세를 체납한 경우 회사의 지분을 50% 넘게 보유 중인 대주주와 특수관계인 등 과점주주에게 2차 납세의무를 부과하면 되는데 세금 고지조차 하지 않았다. 아울러 서울시 성동구 등 88개 시·군·구에서는 250개 창업중소기업이 취득세 등을 감면 받은 재산을 임대하거나 처분하는 등 목적에 맞지 않게 사용하는데도 감면액 61억원을 거두지 않았다.
특히 안행부는 조세특례제한법에 따라 공정거래법상 지주회사가 특정 기업의 과점주주가 되면 취득세를 면제해주고 있는데 사후관리를 제대로 하지 않아 지주사가 면세혜택만 받고 곧바로 회사를 해산하는 사례가 빈번한 것으로 나타났다. 실제 한 기업이 자회사로 편입할 회사의 지분 100%를 취득한 후 취득세 104억원을 면제 받을 목적으로 지주회사로 전환했다 1년 후 바로 자회사와 합병하며 회사를 해산한 것으로 확인됐다. 감사원은 이에 대해 "대책을 마련하지 않으면 현행 제도가 지방세수 누수나 지방세 탈루 수단으로 이용될 가능성이 있다"고 지적했다.
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