[2003년 세제개편안/中企ㆍ벤처기업 지원방안] 특별세액감면제 폐지 R&D투자 집중 지원

경기침체 등으로 어려움을 겪고 있는 중소기업에 대한 세금부담은 크게 줄어든다. 그러나 중소기업이라 하더라도 연구개발(R&D)ㆍ시설투자를 하지 않으면 세제지원을 받을 수 없게 된다. 또 벤처기업의 인수합병(M&A) 활성화에 세제지원이 이뤄지는 대신 실효성 없다는 지적을 받아온 중소기업 특별세액감면제가 사라진다.

▲중소기업 세제지원 차별화

지난 92년 이후 11년간 존속돼 온 중소기업특별세액감면제도가 폐지된다. 제조ㆍ물류산업 등 28개 업종의 중소기업에 대해 납부할 세금에서 일정율(지방중소기업 30%, 수도권소기업ㆍ지식기반산업 20%, 도ㆍ소매업 및 의료업ㆍ자동차정비업 10%)을 감면해주는 게 이 제도의 요지. 해당업종의 중소기업인 경우 세금을 일률적으로 감면받아 왔다.

그러나 연구개발 및 설비투자를 하지 않는 중소기업까지 10~30%의 세금을 감면함으로써 연구개발이나 설비투자 확대를 하는 중소기업에 대한 조세지원의 실효성을 떨어뜨린다는 지적이 많았다. 또 조세감면을 받기 위해 자본금과 종업원수를 인위적으로 중소기업 수준에 맞추는 폐단도 끊이지 않았다.

재경부는 이런 부작용을 없애고 세제지원을 연구개발과 시설 및 정보화투자를 많이 하는 중소기업에 집중하기 위해 제도를 폐지한다고 설명했다. 중소기업에 대한 비과세ㆍ감면제도를 연구개발 등 경쟁력 강화에 집중한다는 `선택과 집중`원칙을 도입한 셈이다.

이번 세법개정에서 R&D투자의 최저한세 적용을 3년간 배제하고 수도권과밀억제권역내에 투자를 하더라도 억제정책이 크게 훼손되지 않는 범위내에서 각종 투자세액공제를 허용한 것도 중소기업의 연구개발(R&D) 활성화를 유도하기 위함이다.

수혜기업은 90년 이후 설치된 사업장에 대체투자(노후설비를 생산능력이 유사한 설비로 교제하는 투자)를 하는 중소기업. 지역에 관계없이 모든 투자세액공제가 가능해진다.

직장보육시설, 장애인용 시설 등 근로자복지 증진시설투자의 경우 세액공제율이 현재 3%에서 7%로 인상된다. 중소기업에 대한 법인세 최저한세율도 12%에서 10%로 낮아진다. 여기서만 연간 약 700억원의 세제감면 효과가 중소기업에 돌아갈 전망이다.

회사택시의 운송요금에 대해 부가가치세 납부세액의 50%를 경감해 주는 기간도 2006년까지 3년간 연장되고 국민주택규모(전용면적 25.7평)이하 리모델링에 대한 부가가치세가 면제된다. 리모델링비용의 약 3%가 인하되는 효과가 있다. 리모델링비용이 3,700만원이라면 절약금액은 약 111만원. 주택 리모델링 수요자와 중소업체가 수혜자다.

엄격해지는 조항도 있다. 간편장부대상자(도소매업의 경우 수입금액 3억원 미만 등)에 대한 무기장 가산세율이 10%에서 20%로 인상된다. 복식부기의무자와 동일한 가산세를 부과해 기장(장부작성 및 보관)과 성실납세를 유도하자는 취지다.

▲벤처기업 M&A활성화

벤처기업에 보유주식을 현물출자하거나 벤처기업의 자사주를 교환하는 경우 이익을 실현할 때까지 양도소득세 과세가 미뤄진다. 또 벤처기업이 다른 법인에게 합병되는 경우 이월결손금(법인이 전년도의 손실금을 다음 연도의 부담으로 넘기는 것)승계요건이 완화된다. 합병을 통한 벤처기업의 구조조정이 촉진하기 위해서다. 예를 들어 규모가 작은 벤처기업이 일반법인에 합병될 때 벤처기업의 주주가 합병법인의 주식을 취득하는 비율이 낮아 주식 10%의 취득요건을 충족하기가 곤란해 현재는 이월결손금 승계가 불가능하지만 내년부터는 3% 이상으로 주식 취득요건이 낮아져 이월결손금 승계가 보다 수월해진다.

<임석훈기자 [e-mail]>