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사실상 예전 과학기술부의 부활로 여겨지는 있는 국가과학기술위원회의 개편작업이 삐걱거리고 있다. 기획재정부로부터 국가 연구개발(R&D) 예산편성권을 넘겨받고자 했던 국가과학기술위원회의 계획이 재정부의 심한 반대에 부딪혀 진전되고 있지 못하기 때문이다. 이에 따라 당장 추석 전후로 발표하기로 했던 국가 과학기술위원회 개편안을 비롯해 정부 출연연구기관 개편이 차일피일 미뤄지고 있다. 30일 청와대와 재정부ㆍ교육과학기술부 등에 따르면 1일 열리는 국가과학기술위원회에 국가과학기술위원회 위상 강화 및 정부출연 연구기관 개편에 대한 정부안이 공식 상정될 예정이었으나 유보될 가능성이 높은 것으로 알려졌다. 이는 재정부가 예산 편성권은 정부조직법상 재정부의 고유권한이라며 R&D 예산 편성권을 양보할 수 없다고 강하게 주장하고 있기 때문이다. 10월1일 열리는 국가과학기술위원회에는 13조7,000억원 규모의 국가 R&D 예산편성권(조정 및 배분 권한)과 정부출연 연구기관의 개편 방안이 상정될 예정이다. 이에 따라 10월1일 오전 열리는 당정협의를 통해 부처 간 입장이 최종 조율되지 않으면 정부의 개편안 발표는 연기될 것으로 보인다. 국과위는 당초 재정부로부터 국가 R&D 예산 편성권을 대폭 넘겨받겠다는 목표로 접근했다. 하지만 재정부는 예산 편성권 대폭 이양보다는 현재 국과위가 집행하는 5조원 규모의 예산배분 권한만 인정하겠다는 입장이다. 기초연구와 관련된 예산 편성권만 인정하겠다는 것이다. 반면 국과위는 재정부의 주장처럼 국가 R&D 예산의 35% 안팎 예산인 5조원은 기존 출연 연구기관이 배정 받던 예산 수준으로 이 정도로는 국가 전체 과학기술 예산을 바라보고 평가·배분하는 컨트롤타워 기능을 제대로 수행할 수 없다며 이견을 보이고 있다. 정부의 한 관계자는 "앞서 열렸던 당정협의 때도 예산 편성권에 대한 권한을 일부 넘기기보다 국과위 권한을 더 강화해야 한다는 주장이 많았다"면서 "재정부의 강력한 반대에 부딪치면서 정부안이 최종 확정되지 못하고 있다"고 말했다. 국과위는 참여정부 당시 과학기술부 아래 있던 과학기술혁신본부와 유사한 조직으로 국가위 기능개편 및 강화는 과기부의 부활로 받아들여지고 있다. 국과위 산하 26개 정부출연 연구기관을 통합하는 방안도 넘어야 할 또 다른 과제지만 역시 부처 간 의견 조정이 남아 있는 상태다. 전문가들은 국과위가 예산권을 갖게 되더라도 과학기술 정책 기능을 교과부에 그대로 남겨둔 상태에서는 R&D를 넘어선 과학기술 컨트롤타워 역할을 제대로 수행하기 힘들다며 출연 연구기관도 국과위가 관리해야 한다는 입장이다. 그러나 정부출연 연구기관들은 단일 법인화 안에 반발하고 있어 난항을 겪고 있다.
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