3대 특별검사팀이 150~180일이라는 대장정을 거치면서 논란도 적지 않았다. 한미 정상회담에서 특검팀의 미군 기지·교회 압수수색 등이 거론될 정도였다. 김건희 특검팀 수장인 민중기 특별검사의 경우 주식 선행 매매 의혹으로 수사 기간 종료 이후 수사를 받아야 할 처지에 놓였다.
28일 법조계에 따르면 내란·김건희 특검팀은 수사 종료까지 17일과 31일을 남겨 두고 있다. 수사의 종착역에 다가가면서 각종 수사 성과를 내기도 했으나, 잡음도 끊이지 않았다.
김건희 특검팀의 수장인 민 특검의 경우 주식 선행 매매 의혹이 발목을 잡았다. 그가 고법 부장판사 시절이던 2010년께 태양광 소재 업체 네오세미테크 주식을 매도해 1억 5000만 원 이상의 수익을 냈다는 게 의혹의 골자다. 이 회사 대표였던 오 모 씨와 사외이사였던 양재택 변호사가 민 특검과 대전고·서울대 동기 동창이라는 점에서 의혹이 커졌다. 또 김 여사 가족 회사를 둘러싼 양평 공흥지구 개발 특혜 의혹 수사 과정에서 참고인 A 씨가 조사 완료 후 사망하자 강압 수사 논란도 불거졌다. 특검팀은 27일 내부 감찰을 마치고 “(강압 수사를) 단정하기 어렵다”면서 당시 조사에 참여했던 수사관 3명을 파견 해제했다. 이들 의혹은 현재 서울 종로경찰서가 수사 중이다. 경찰은 앞서 7일 민 특검을 강압 수사, 내부자 거래 혐의로 고발한 김순환 서민민생대책위원회 사무총장을 고발인 신분으로 불러 조사한 바 있다.
내란·순직해병 특검팀은 각각 오산 기지 내 우리공군 방공관제사령부 제1중앙방공통제소, 교회 등을 압수수색한 게 올 8월 25일(현지 시간) 열린 한미 정상회담 과정에서 거론되기도 했다. 또 미군 측이 주한미군지위협정(SOFA)에 따라 미군 측에 사전 동의를 구해야 했다고 항의한 바 있다. 이외에도 올 9월 검찰 해체가 공식화되자 검찰에서 파견 간 내란 특검팀 검사들은 검은 넥타이를 매고 공판에 나가며 ‘검찰 해체’ 항의를 표시하는 등 미묘한 사건들이 있었다.
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