주5일 수업제 전면 확대 실시에서 가장 우려되는 문제는 저소득층 및 맞벌이부부 자녀, 나홀로 자녀 등의 돌봄 문제다. 오는 7월부터 5인 이상 사업장까지 주5일 근무제가 확대 시행되지만 5인 이하 사업장에 다니는 근로자가 전체의 20%에 달하고 비정규직이나 자영업자들을 포함하면 실제 주5일 근무를 할 수 없는 학부모가 더 늘어나기 때문에 이들의 자녀는 부모의 돌봄 없이 '나홀로 토요일'을 보내야 한다. 이에 정부는 토요일 돌봄과 교육복지 프로그램의 사각지대에 놓일 우려가 있는 저소득층 및 맞벌이부부 자녀에 대한 대책을 대폭 강화한다는 방침이다. 토요 돌봄교실을 수요가 있는 모든 초등학교와 특수학교까지 확대 운영하도록 하고, 주중에만 제한적으로 운영되던 지역아동센터, 각종 청소년대상 프로그램이 주말까지 확대 운영하도록 할 계획이다. 또 토요 창의적 체험활동을 강화하는 한편, 토요 스포츠클럽 및 스포츠리그를 개최하는 등 '토요 스포츠데이' 운영을 보다 확대할 예정이다. 하지만 토요 돌봄교실의 경우 초등 1~2학년은 정부가 비용을 부담하지만 3학년 이상은 자비로 부담해야 하기 때문에 추가 예산 지원이 필요하다는 지적이다. 참교육을 위한 전국 학부모회의 한 관계자는 "초등 돌봄교실에 참여하는 학생의 27%가 전액 자부담"이라면서 "수익자부담으로 돌봄교실에 참여하는 것은 말뿐인 돌봄에 그칠 것"이라고 말했다. 정부가 교사 인건비와 교육비 등 재정 지원을 늘리지 않을 경우 돌봄교실에서 소외되는 저소득층 학생이 많을 것이라는 지적이다. 손충모 전국교직원노동조합 부대변인은 "맞벌이 부부의 자녀인 '나홀로 학생'들에 대한 실태 파악이 정부 차원에서 이뤄져야 한다"며 "이를 토대로 학생들이 원하는 다양한 프로그램을 외부 전문가를 초빙해 학교가 진행할 수 있게끔 정부가 서둘러 예산을 책정해야 한다"고 주장했다. 정부는 초등 돌봄교실을 확충하고 방과후학교 강사 인건비 등을 위해 내년에 1,550억원을 지원할 계획이다. 김숙정 교육과학기술부 교육과정과장은 "시ㆍ도가 돌봄 예산을 우선적으로 배정하고 예산을 확대하고 있는 추세이기 때문에 금액이 더 늘어날 수도 있다"면서 "지금도 초등 3학년 이상의 경우 월 1만~3만원만 내면 방과후학교 프로그램을 이용할 수 있기 때문에 주5일 수업제가 실시되더라도 학부모들의 비용 부담이 크게 늘지 않을 것"이라고 말했다.
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