개정 세법에 따르면 파생상품 거래 양도차익 기본세율은 20%로 정해졌으며 시장 상황에 따라 상하 10%의 탄력세율이 적용된다. 시행령은 시장 충격을 감안해 2016년부터 10%를 우선 적용하기로 했다. 파생거래 양도세는 다른 소득과 구분해 분리과세하고 연간 250만원의 기본공제를 제공한다. 파생상품 양도소득세 과세 대상은 장내파생상품 중 코스피200 선물·옵션, 해외 파생상품시장에서 거래되는 국내 파생상품으로 확정됐다. 예를 들어 유럽의 유렉스에 상장된 코스피 200옵션 거래를 통해 이득을 봤다면 이것도 과세 대상이다.
금융투자업계는 지난 2011년부터 코스피200 선물, 옵션에 대한 증거금률 인상 등 각종 규제로 파생시장이 위축되고 있는데 양도소득세까지 매기면 투자자들이 추가로 빠져나가 파생시장은 물론 파생과 연계된 현물시장마저 쪼그라들 것으로 우려하고 있다. 심상범 KDB대우증권 연구원은 "우선 개인 중심 거래량이 감소할 것으로 보이고 투자자 이탈과 변동성 감소로 외국인과 기관의 매매도 위축돼 시장이 전반적으로 침체할 것"이라고 말했다. 파생시장 위축이 현물거래 부진으로까지 이어져 오히려 세수가 감소할 수도 있다고 금융투자 업계는 보고 있다.
주식 현물에는 거래세를, 파생시장에는 양도소득세를 부과하는 이중구조가 혼란을 일으킬 것이라는 지적도 나온다. 한 증권사 파생상품 애널리스트는 "전 세계적으로 주식시장과 파생시장에 동시에 양도소득세를 매기는 곳은 있지만 파생시장에만 양도소득세를 매기는 곳은 없다"며 "상장지수펀드(ETF)·상장지수증권(ETN)·주식워런트증권(ELW) 등 간접투자상품은 과세 대상에서 제외됐지만 핵심 거래 상위 상품들이 과세 대상이 돼 이번 개정 세법시행령이 파생시장 및 현물시장에 부정적으로 작용할 것"이라고 전했다.
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