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예상대로 비과세 감면 제도가 대폭 손질된다. 올해 일몰이 도래하는 55개 조항 중 27개 조항과 일몰이 없는 7개 조항을 폐지ㆍ축소해 재원을 확보할 방침이다. 비과세 감면 정비 방안이 원안대로 확정되면 오는 2010년께는 연간 2조원 안팎의 세수증대 효과를 거둘 것으로 정부는 추산하고 있다. 다만 정부가 제시한 조정 폭이 당초 정치권이 요구하는 것보다 더 큰데다, 비과세감면 정비에 정치권이 소극적이어서 원안대로 통과될지 여부는 미지수다. 눈길을 끄는 것은 내년부터 폐지되는 사모펀드에 대한 증권거래세의 면제 조치. 또 공모형 펀드에 대한 증권거래세 면제는 오는 2008년12월31일로 일몰을 신설, 앞으로 간접투자시장에 상당한 영향을 미칠 것으로 보인다. 주식매수선택권(스톡옵션)에 대한 과세특례가 폐지된다. 이 제도는 창업자, 신기술사업자, 벤처 기업 등의 종업원 등을 대상으로 행사이익 연간 3,000만원까지 근로소득세를 비과세 하는 내용인데 연말까지 부여 받은 부분에 대해서만 인정하고 내년 이후부터는 근로소득세 과세로 전환한다. 1년 이상 장기보유 주식의 배당에 대한 비과세는 기준금액이 하향조정 하는 것도 추진한다. 또 상장주식을 1년 이상 보유한 경우 보유금액이 5,000만원(액면가 기준)까지는 비과세하고 5,000만원 초과∼3억원 이하까지는 5% 분리과세했으나 내년부터는 3,000만원까지 비과세되고 3,000만원 초과∼1억원 이하까지는 5% 분리과세 된다. 코스닥시장에 신규 상장한 벤처기업은 당해 사업연도 소득금액의 30% 범위에서 사업손실준비금으로 손금 산입할 수 있었으나 코스닥시장이 정착된 만큼 이 제도를 내년부터 없애기로 했다. 또 연구ㆍ인력개발 준비금 제도, 기업구조조정전문회사에 대한 과세특례 등이 폐지되고 외국인기술자 소득세 면제, 기술도입대가에 대한 소득세ㆍ법인세 감면, 디지털TV 방송장비 관세 감면 등이 축소된다. 농어가 목돈마련저축 이자소득 비과세도 올해 연말 일몰도래와 함께 폐지하기로 했다. 이밖에 농협 등에 대한 손금산입 특례가 폐지되고, 복권 당첨소득 중 3억원을 넘어설 경우 30%세율로 분리과세 하는 것으로 강화됐다.
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