A사는 100% 자회사와 공동사업계약 및 이익분배계약을 체결하고 자회사가 소유한 서울시 한남동 땅에 상가건물을 신축했다. 이후 A사는 건물을 임대하고 임료전액을 수령해 비용을 공제한 후 투자비율에 따라 매달 임대수입의 37.8%를 자회사에게 토지임료로 지급하는 변동임료 방식으로 사업을 꾸렸다. 이 같은 이익분배비율은 A사와 자회사가 건물과 토지의 50년 간 각 임대권의 가치를 감정평가해 정한 것이다.
하지만 과세관청은 A사가 자회사에게 지급한 토지임료가 너무 과다하다며 A사에게 법인세와 부가가치세를 부과했다. 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 규정에 따른 토지임료 시가인 ‘당해 토지시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 토지제공과 관련해 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱해 산출한 금액’보다 4배 이상 많다는 것이다.
A사가 제기한 불복 소송에서 1심은 과세관청의 손을 들어줬다. A사가 자회사에게 법인세법령상 시가로 의제되는 토지임료보다 과다하게 지급한 것이므로, A사는 임료비용이 증가함으로써 법인세액이 부당하게 감소됐다는 판단이다.
그러나 항소심은 1심 판결을 뒤집고, 과세관청이 법인세법령에 따라 산정한 임료는 토지의 임대목적이나 계약의 다른 조건을 고려함이 없이 일반적으로 나대지 상태의 임대를 전제로 한 것으로 봤다. A사와 자회사의 공동사업계약상 토지의 임대기간을 50년으로 정함으로써 건물의 사용연한 동안 토지에 대한 A사의 사용·수익권을 보장하는 특수한 계약조건으로 산정된 감정평가임료가 임료의 7배나 되는 점을 고려하면, 과세관청의 산정액이 정당한 '시가'라고 단정하기 어렵다는 취지다.
항소심은 판단의 구체적인 근거로 A사는 건물을 신축해 소유하고 50년의 임대차기간을 안정적으로 보장받아 건물을 신축·소유하는 목적을 달성한 점, A사와 자회사는 건물평가액이나 토지가격 보다 높은 임대권의 가치를 보유하게 돼 모두 이익을 얻게 된 점, 토지임료의 결정방법은 여러 가지가 있을 수 있고 임차인이 얻는 이익의 일정 부분을 임료로 정하는 것도 충분히 상정할 수 있는 점, 특수관계인이라는 이유로 임대차계약의 특수한 조건을 전혀 고려 받을 수 없다면 오히려 경제적 합리성이 없는 비정상거래에 해당할 수 있다는 점 등을 제시했다. 대법원은 이 판결을 그대로 확정했다.
이처럼 특수관계회사 간의 거래에 있어 법인세 법령상 시가의제 규정을 획일적으로 적용하면 비특수관계회사 간 동일한 거래의 경우 정상거래로 볼 수 있음에도 비정상거래로 간주하는 불합리한 결과가 발생한다. 이에 대법원의 판결은 특수관계회사 간의 거래에 있어서 법인세 법령상 시가의제 규정과 다른 금액으로 거래하더라도 개별거래의 조건이나 특수관계회사 모두가 이익을 얻는 결과 등을 고려해 경제적 합리성을 판단함으로써 정상거래로 인정받을 수 있는 가능성을 열었다는데 의의가 있다.
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