우선 활동기간을 둘러싼 양측의 입장 차이가 여야 간 협의의 첫 번째 쟁점으로 부각될 것으로 전망된다. 여야는 지난해 12월에 자원외교 국정조사 합의안을 통해 활동기간을 "국정조사 요구서가 의결된 때로부터 100일간 조사를 실시한다. 국정조사 계획서는 2015년 1월12일 본회의에서 의결한다"고 명시했다. 문제는 '국정조사 요구서가 의결된 때부터 100일간'이라는 문구다.
야당의 한 관계자는 "국정조사 요구서는 본회의에 보고하는 것인 만큼 국조 계획서의 본회의 의결 이후 100일간 활동하는 것으로 해석해야 맞다"며 "여야 합의문이 요구서와 계획서를 혼동해 사용하고 있어 간사 간 협의를 통해 활동기간을 국조 계획서 본회의 의결 이후 100일간으로 다시 수정해야 한다"고 강조했다. 그러나 여당 일각에서는 합의문이 국정조사 계획서와 요구서를 분명히 달리해 정의하고 있는 만큼 지난해 12월29일 국정조사 요구서의 본회의 보고 이후 100일간으로 활동기간을 정해야 한다는 의견도 제기되고 있다.
증인 채택 문제는 가장 큰 걸림돌로 작용할 것으로 보인다.
야당은 이명박 전 대통령을 포함해 지식경제부 장관으로 재직하며 이명박 정부의 자원외교를 총괄한 최경환 경제부총리 겸 기획재정부 장관, 이상득 전 의원, 박영준 전 지식경제부 제2차관 등을 국조 계획서의 증인에 명시해야 한다는 입장이다. 박완주 새정치민주연합 대변인은 감사원이 강영원 전 한국석유공사 사장을 검찰에 고발한 것과 관련, "해외자원개발사업의 책임이 누구에게 있느냐고 물을 때 석유공사 사장이라고 답할 국민이 몇 명이나 되겠느냐"며 "이 전 대통령과 자원외교 특사를 자임했던 이 전 의원, 해외자원개발 기본계획을 설계하고 직접 발표한 최경환 당시 지식경제부 장관, 종횡무진 세계를 누볐던 박 전 차관은 아무 책임이 없느냐"고 몰아세웠다.
여당은 19대 국회에서 실시한 네 차례의 국정조사에서 계획서에 증인을 명시한 경우가 없었다며 기관 보호를 받으면서 증인 채택 문제를 논의해야 한다고 맞서고 있다. 여당의 한 관계자는 "과거 국정조사 계획서를 보면 모두 증인 채택은 여야 간사 간 협의를 통해 정한다고 합의했다"며 "국정조사 계획서에 증인을 명시하자는 것은 관련자들에 대한 망신 주기 국조로 전락할 수 있다"고 반대했다.
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