감사원은 교육부의 지방교육 재정 대책, 지방교육 재정 교부금 운용, 시도 교육청의 재정 운용 및 관리, 사립학교의 재정 운용 등 4가지 분야를 중심으로 감사를 진행했다. 그 결과 학교 경비, 기숙사 운영비, 기간제 교원 인건비, 사립학교 재정결함보조금 등의 예산이 과도하게 사용됐다는 결론을 내렸다. 특히 지방교육청들이 지난 2011~2013년 3년 동안 예산을 과다하게 편성한 뒤 쓰지 않고 남긴 연평균 불용액은 1조9,849억원에 달하는 것으로 조사됐다.
감사원에 따르면 교육부는 2008년부터 2014년까지 약 7년 동안 총 211억여원의 학급경비를 과다 산정해 시도 교육청에 교부했다. 기숙형 고교 기숙사 운영비도 학교에서 필요한 금액보다 연간 215억원이 추가로 교부됐다. 정원 외 임용된 기간제 교원의 인건비는 지난 한 해 동안 2,398억여원으로 집계됐다. 사립학교에 필요 이상으로 지원된 재정결함보조금은 3,421억원에 달했다. 이러한 요소들을 감안하면 연간 약 6,000억원의 예산이 절감 가능하다는 게 감사원의 지적이다.
이번 감사 결과 발표를 계기로 지방교육 재정 문제를 둘러싼 논란이 더욱 확대될 것으로 전망된다. 국회 교육문화체육관광위원회의 한 관계자는 "그동안 교육감들이 고정경비 외 다른 예산이 늘 부족하다는 이유로 누리과정에 대한 국고지원 필요성을 주장해왔는데 이번 감사 결과를 계기로 이러한 주장에 설득력이 떨어지게 됐다"고 지적했다. 그러나 경기도교육청 측은 "경기도교육청의 연간 예산이 11조~12조원 수준인데 누리과정에 필요한 예산은 1조원 이상"이라며 "감사원의 지적이 적절한지를 각 항목별로 따져봐야 하지만 지방교육 재정의 일부 문제 때문에 누리과정에 대한 국고지원 필요성이 줄어드는 것은 아니다"라고 강조했다.
지방교육 재정 문제는 지난해 말 국회의 2015년 예산안 처리과정의 최대 쟁점으로 꼽힌다. 특히 누리과정(만3~5세 무상보육)에 대한 예산지원 문제와 관련해 전국 시도교육감협의회와 야당은 국고지원을 주장했으나 정부ㆍ여당은 이에 반대하면서 해당 상임위원회인 교문위의 예산안 처리일정이 지연되기도 했다. 결국 여야 원내지도부는 정부 예산(목적 예비비) 5,000억원 지원과 지방재정법 개정안(지방채 발행 요건 완화) 통과로 지방교육청 예산 부족 문제를 해결하기로 합의했다. 그러나 해당 법안은 국회 안전행정위원회에서 야당 간사인 정청래 의원의 반대로 아직 통과되지 않은 상태다.
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