여야 의원 모두 협정이 처리된 절차가 문제 있다는 점을 지적했으며 민주통합당 의원들은 김황식 총리 사퇴 등 정부 책임론을 강하게 제기했다. 김영우 새누리당 의원은 "비공개 처리하는 중요한 문제 보고조차 받지 못한 것은 기강해이뿐 아니라 외교력에 있어서도 큰 상처"라고 지적했다. 우상호 민주통합당 의원은 책임소재와 관련해 "청와대가 주도한 사안을 외교부에 책임을 물어서 실무국장이 피해를 본 게 아니냐"며 "외교부의 수장이 그것을 막아주지 않고 국민 앞에 굽실하는 게 문제"라고 힐난했다.
김 장관은 "의견수렴을 충분히 하지 못한 데 대해 재삼 죄송하다"며 "신중히 처리해나가겠다"고 사과했다. 협정 폐기 주장에 대해서는 "국회 보고 이후 신중히 추진하겠다"며 재추진 의사를 비쳤다.
협정의 명칭이 바뀐 데 대해서는 "실무진 간 가서명까지는 군사정보보호협정이었으나 그 후 내부 협의를 거치면서 군사정보가 군사에 방점이 찍혀 군사동맹 오해를 줄 수 있으므로 '군사'를 삭제하자는 의견이 나왔다"며 우리 정부가 먼저 제의했음을 밝혔다. 이에 대해 원혜영 민주통합당 의원은 "다른 24개국과 맺은 협정에는 왜 '군사'가 붙어 있는가. 한일 간 협정에서만 뺀 것은 꼼수가 아니냐"고 지적했다.
배석한 조세영 전 외교부 동북아국장은 자신이 비공개 처리를 처음 제안했다는 보도에 대해 "청와대와 협의했다"고만 밝히며 제대로 답하지 못했다. 김 장관은 "(청와대와 외교부 중) 누가 먼저 얘기했다고 말하기 어렵다"고 말해 책임소재의 모호함을 여전히 드러냈다.
한편 김 장관은 의원들의 질의에 앞선 현안 보고에서 "일부 시민단체가 염려하는 밀실협상이나 비밀협정 체결을 의도한 것이 아니다"라고 말했다가 야당 의원들의 거센 항의를 받았다. 군사정보보호협정과 함께 추진하려다 연기한 상호군수지원협정이 한반도의 유사시 상황을 염두에 둔 것이냐는 데 대해서는 "관련이 있을 수도 있다"며 관련성을 부인하지는 않았다.
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