인수합병(M&A)을 통해 기업 간에 주식을 교환할 때에 발생하는 양도차익에 대한 세 혜택도 마련됐다. M&A로 취득한 주식은 양도소득세를 주식을 처분할 때 낼 수 있도록 하고 증권거래세도 면제해주기로 했다. 두 회사 간 합병으로 인해 발생하는 중복 자산을 처분할 경우에도 양도차익에 대한 세금은 3년 거치기간 이후 3년 동안 나눠내면 된다. 또 사업재편계획에 따라 일어나는 채무면제나 자산매각 등으로 발생하는 양도소득세는 4년 거치 후에 역시 3년 동안 분할해서 낼 수 있다.
경영상 애로사항을 타개하기 위해 업종을 전환하는 중소기업은 4년간 소득·법인세를 50% 감면받을 수 있다. 다만 신규사업의 매출 비중이 50% 이상이어야 하고, 2018년까지 한시적으로 적용된다.
수출 중소기업의 부담을 덜어주기 위해 수입 부가가치세 납부 유예제도도 신설된다. 현재 수출 중소기업이 원재료를 수입해 올 경우 세금을 두 번에 걸쳐 정산해야 한다. 세관에 수입신고를 할 때 일괄적으로 부가세를 내고, 국내에서 판매거나 해외로 다시 수출하게 될 경우 관할 세무서에 이를 신고하고 차액을 더 내거나 다시 돌려받는 구조다. 내년부터는 굳이 원재료를 수입할 때 부가세를 내지 않고, 판매한 뒤 세무서에 신고할 때 일괄적으로 세금을 낼 수 있게 된다.
한편 비과세·감면 제도의 합리화차원에서 고용여건과 무관하게 지원됐던 시설투자액 공제율을 조정된다. 연구개발(R&D) 설비 및 에너지 시설의 경우 대·중견·중소기업(3·5·10% → 1·3·6%)로, 생산성 향상시설은 대·중견·중소기업(3·5·7%→ 1·3·6%)로 개정될 예정이다.
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